A moto R1 começou a ser produzida pela Yamaha em 1998, pesando 176,9 hg uma versão mais pesada que as atuais, a nova geração da R1 inaugurou um novo motor com quatro válvulas e trouxe inovações da Yamaha YZR-M1 do piloto Valentino Rossi como o acelerador eletrônico, o duto de ar variável e a embreagem antibloqueio.
Esse modelo é um dos principais da categoria das motos superesportivas, totalmente reformulada foi projetada com o auxilio do piloto Valentino Rossi, com isso o propulsor manteve o mesmo tamanho com 77 x 53,6mm, mas todo o resto foi modificado além da câmera de combustão com um novo desenho, essa novidade fica por conta do duto de admissão variado que é chamado de YCC-I ( Yamaha Chip Controlled Intake), essa solução já era utilizada em carros esportivos agora pela primeira vez em uma moto.
O YCC-I varia o comprimento do duto de admissão de acordo com a rotação do motor ( o comprimento pode variar de 65mm á 140mm), oferecendo um melhor desempenho para sistema de injeção eletrônica (ride-by-wire), também chamado na nova geração de YCC-T(Acelerador Yamaha Controlado por Chip),garantindo maior desempenho e maior precisão na aceleração.
O resultado de todo novo sistema pode ser visto-nos 5 cv a mais na potencia no novo modelo com 180 cv a 12.500 RPM, sem contar o (Ram air) que aumenta em 9 cv quando se está em alta velocidade.